脯氨酰异构酶是一种存在于原核生物和真核生物中的酶(EC5.2.1.8)，可将肽键的顺式和反式异构体与氨基酸脯氨酸相互转化。
脯氨酸由于其侧链与仲胺氮键合的环状结构而具有异常构象受限的肽键。大多数氨基酸对由于空间位阻导致的反式肽键构象，但脯氨酸的不寻常结构稳定了顺式形式，因此两种异构体都在生物学相关条件下聚集。具有脯氨酰异构酶活性的蛋白质包括亲环蛋白、FKBPs和parvulin，尽管较大的蛋白质也可以包含脯氨酰异构酶结构域。
