正确储藏预装色谱柱是保证其使用过程顺利和使用寿命延长的前提。正相色谱柱应该在填充正庚烷/异丙醇或者另一种不含其它调节组分的惰性溶剂后储藏。
反相固定相则应该储藏在不含任何期间可能沉淀析出的缓冲液、或其它调节组分的水/有机相混合溶剂内。因此，建议在色谱过程拟终止前的15分钟前切换到水/有机相50/50的混合溶剂作为工作移动相，无论事后色谱柱是否需要从高效液相色谱系统中拆下。如果色谱过程只是中断几个小时，比较省力的办法还是让含有缓冲成分的移动相在色谱柱中保持在一个非常低速的流动状态。一旦色谱柱同色谱系统分离，用扭力扳手将色谱柱进口和出口彻底封闭，以防止固定相失水干化。
所有高效液相色谱预装柱都必须在常温环境（18-26℃）下储藏，避免受到机械力撞击，zui好就收纳在原来的包装盒内。
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