•加装保护柱：保护柱属消耗品，经过一定次数的样品分析(50~100次)后，出现柱压显著升高或峰形变坏或基线漂移时，应考虑更换保护柱。
•过滤流动相和样品 ：流动相通常由水或缓冲溶液与有机溶剂混合而成，原则上，所有经过色谱柱的流动相均应过滤，但在实际操作上应视具体情况而有所区别 。
•净化样品 ：样品中含有对色谱柱有损害的化学成分，如产生永久性吸附的蛋白质、糖等有机分子和强吸附性物质,以及可能对柱填料产生破坏作用的基团离子。在进样前应尽可能对样品进行分离提纯以除去多余杂质组分。
•避免过高的柱压 ：避免的方法为(1)柱压过高时，尽可能采用较小的流速，以不超过柱最大允许压力的一半为宜。(2)当流速较大时，应采取流速梯度的办法使流速分步到位。(3)使用手动进样阀时，进样阀的切换要尽可能的快。
•注意温度和酸碱度 ：一般以硅胶为基质的色谱柱最高使用温度不超过60℃，以低于40℃为宜，特别是在流动相pH接近使用限度时，更应降低使用温度。目前的键合硅胶色谱柱标示的pH适用范围可达2~10，但在实际使用时应避免极端的pH条件，特别是在偏碱性的条件(pH≥8)下使用。如必须要在极端的pH条件下使用时，可通过以下方法避免柱损害：(1)在泵和进样阀之间加装预柱(饱和柱)来饱和流动相；(2)降低使用温度；(3)检验完毕后立即用与所使用的流动相互相混溶的“温和溶剂”彻底清洗。
•正确及时的冲洗：始试验前，了解柱中当前是何种溶剂。对于新色谱柱，如无特殊说明均为评价报告中所用流动相。柱中当前溶剂一定要与分析样品所用流动相互溶，如不能混溶，要用与二者均能相互混溶的第三种溶剂过渡。异丙醇是唯一能与各种溶剂混溶的试剂，可作为中介流动相使用。对于含有缓冲盐的流动相，最好的办法是先用与分析用流动相组成完全相同但不含缓冲盐的溶液进行冲洗，再逐步过渡到纯甲醇冲洗。