芯片常见问题分析

1 芯片实验和定量PCR的优劣比较?
　　基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究,定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。
2 在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存?
　　可以抽干冷冻保存一年。
3 可否用DNA和芯片杂交?
　　不可以，因为芯片上的样品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內显子，核酸杂交无法顺利进行。
4 对于临床症状不明显的的遗传病,如何取样?
　　可以从病人抽取血样或者骨髓。
5 如何保存血样?
　　将血样中血细胞分离出来，然后-80℃低温保存。
6 脱落细胞是否都是死亡的细胞, 其中是否可以抽提mRNA?  
　　不完全是死亡的细胞, 但是mRNA的含量比较少, 建议最好用正常细胞抽提mRNA。
7 完成一张芯片的实验,需要的细胞的量是多少?
　　需要5×106的细胞量
8 提供的电泳图和OD值如何评价mRNA的质量？
　　电泳图可以分析mRNA和总RNA是否降解, OD值可以判断纯度。
9 是否可以将同一症状的病例混合后抽提,看共性表达?
　　可以。

10 芯片是否可以重复使用?
　　不可以。
11 杂交后的芯片如何保存?
　　避光常温保存几个星期。
12 在实验前期,如何定参照物?  
　　根据实验设计来确定使用共同参照物还是各自的参照物。
13 如何消除基因芯片实验中的个体差异？
　　可以使用同一样品重复芯片实验,取其共性,获得可靠的数据结果。
14 芯片在杂交过程中为什么会发生非特异性杂交, 如何降低?
　　这是由于DNA碱基错配造成, 提高芯片杂交后洗脱液的温度可以降低非特异性杂交。
15 芯片上基因cDNA是从什么组织中取得的?
　　芯片上基因cDNA来源于美国I.M.A.G.E.项目，是从人的各种组织中分离确定的，并且每个基因cDNA具有明确功能定义的，与其它基因不相重复的。

16 芯片上有多少条有效基因?
　　目前芯片上的有效基因数目最多有7500条，每条基因都有明确的功能定义，不相重复。  
17 基因表达谱芯片是如何进行分类的?
　　基因表达谱芯片是根据芯片的用途来分类的，每种芯片上包括与特定用途相关的基因。
18表达谱芯片是否可以按照器官来进行分类?
　　不可以。
19 基因芯片的假阳性率是多少?
　　一般控制在1%---2%。
20 芯片制作中如何控制芯片的质量
　　控制芯片的质量主要要以下几个方面, 玻片的选择, 点样的规范, 固定率, 芯片的背景,有效的避免融点等。
21 实验结果中的荧光信号散点图有何意义?
　　可以-直观反映杂交后的差异表达与正常表达的比率, 显示相关度和实验结果的好坏。
21 扫描背景不清楚会对实验结果产生什么影响?
　　会导致实验结果混乱,而导致实验失败, 如果是杂质污染等原因造成,可以通过洗片解决, 如果是mRNA不纯,则需要重新抽提。
22 实验失败有几种原因?
　　mRNA的降解, MRNA的纯度差, 反转录酶失败, 标记效率低, CY3容易见光降解。
23 得到实验的结果后, 可以进行那些研究的工作?
　　可以通过基因的差异表达, 寻找目标基因, 进行聚类分析, 对差异基因进行进一步的功能研究。