1、柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂是主要治疗药物，如艾迪莎、美沙拉嗪等。
2、皮质类固醇常用药为强的松或地塞米松，但长期激素维持不可防止复发。在急性发作期亦可用氢化可的松或地塞米松静脉滴注，以及每晚用氢化可的松加于生理盐水中作保留灌肠，在急性发作期应用激素治疗的价值是肯定的，但在慢性期是否应持续使用激素则尚有分歧，由于它有一定副作用，故多数不主张长期使用。
3、免疫抑制剂在溃疡性结肠炎中的价值尚属可疑。据Rosenberg等报道硫唑嘌呤在疾病恶化时并无控制疾病的作用，而在慢性病例中它却有助于减少皮质类固醇的使用。
4、中药治疗腹泻型溃疡性结肠炎可用中医中药治疗，效果比较理想。同时应注意饮食以及生活习惯。