首先需明确，该病的药物治疗应在医生指导下进行。医生会根据相关实验室检查结果，对确诊为真菌感染的患者采用药物治疗，可口服或局部应用抗真菌药进行治疗。常用药物如下。
1、制霉菌素
能够抑制白色念珠菌的快速生长和繁殖，不同年龄段儿童的用法用量不同，需在医生指导下进行。
通常情况下，在治疗2周内可起效，不过往往仍需要持续治疗至消退后2~3天。如超过2周仍未起效，可能与母亲乳头没有用药治疗或者奶瓶没有消毒反复感染有关，应及时就医复诊进行调整。
2、氟康唑
口服氟康唑能够杀灭白色念珠菌，治疗效果较制霉菌素好。对于小婴儿，如果涂抹制霉菌素无效，可以选择口服氟康唑；大于1岁的孩子，中度以上的鹅口疮首选口服氟康唑治疗；有免疫功能受损的婴儿，首先口服氟康唑治疗。
常见不良反应：该药物可能会引起恶心、呕吐、腹胀、食欲减退等胃肠道不舒服；偶有过敏反应，个别孩子可能有轻度一过性肝功能异常。