原发病的治疗：即病因治疗，在获得性巨结肠治疗中很重要，因为随着原发病的治疗，巨结肠可以得到相应的缓解或控制和治愈。
(1)发生在呆小病和甲状腺功能低下的各个阶段的巨结肠，甲状腺替代治疗是有效的，可以很快得到治愈。
(2)原发性淀粉样变所致巨结肠对苯丙酸芥的治疗有效，但对继发于慢性炎症的淀粉样变治疗是困难的。
(3)帕金森病中发生的巨结肠，如果是因为长期服用抗胆碱能药物和便秘所致，停药后会恢复。
(4)糖尿病性神经病变所致巨结肠，因糖尿病的正规治疗不能治愈糖尿病性神经病变，所以只能是症状性治疗。
(5)精神性巨结肠的治疗为保守治疗，保持减压。如巨结肠神经节细胞退化可行回肠直肠次全切除。但最好的治疗是预防，养成定时排粪的习惯，以建立良好的排粪条件反射，增加食物纤维的摄入，尽可能避免药物。
(6)中毒性巨结肠应紧急行外科手术治疗。器质性结肠疾病应早期发现、治疗和手术。