利用荧光光谱法研究蛋白质一般有两种方法。一是测定蛋白质分子的自身荧光(内源荧光)，另一种是当蛋白质本身不能发射荧光时，通过非共价吸附或共价作用向蛋白质分子的特殊部位引入外源荧光(也称荧光探针)，然后测定外源荧光物质的荧光。
蛋白质的内源荧光
含有芳香族氨基酸(色氨酸(tryptophan ,Trp)、酪氨酸(tyrosine ,Tyr)和苯丙氨酸(phenylalanine ,Phe))残基的蛋白质在280nm或295nm的激发光的激发下会产生荧光，这种荧光称为内源性荧光(天然荧光)。Trp、Tyr和Phe由于其侧链生色基团的不同而有不同的荧光光谱。其荧光峰位波长分别是348、303、282nm，其中Trp的荧光强度最大，而Phe的荧光强度则很低，因此蛋白质的内源荧光主要是由Trp和Tyr残基形成的。同时在含有Trp和Tyr的蛋白质中，由于其分子发生了从Tyr残基到Trp残基的能量转移, 从而导致Tyr残基的荧光猝灭和Trp残基的荧光增加，因而Trp最常被用作内源探针来研究蛋白质的结构。 2. 蛋白质的外源荧光
所谓外源荧光光谱法就是利用小分子荧光化合物与其荧光较弱或不发荧光的物质共价或非共价结合，形成发强荧光的络合物，然后测定络合物的荧光。常用测定蛋白质的荧光探针主要有丹磺酰氯、荧光胺、12苯胺基萘282磺酸(12anilinonaphthalene282sulfonate ,ANS)、22对甲苯胺基萘262磺酸(22p2toluidinonathalene262sulfonate ,TNS)、12(N2二甲基胺)2萘252磺酸(12(N2dimethylamino)2naphthalene252sulfonate ,DNS)等。
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