蛋白质组学不能被基因组和转录组取代

基因和蛋白并不存在严格的线性关系

ORF并不预示一定存在相应的功能性基因

mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应

翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现