根据载体分类
1玻片芯片
（图为Raybiotech 公司的一种玻片芯片,共有16个子阵列,每个阵列可以检测多个指标.可用于定量检测。）
2膜芯片(用PVDF,或NC膜作为载体)
（图为1个子阵列的膜芯片）
蛋白芯片一般的操作步骤 :
(以抗体芯片为例)
整个操作流程包括：
1.从组织或细胞、体液中进行蛋白质抽提；
2.用Cy5和Cy3两种不同颜色的荧光分子分别标记两个样品；
3.洗去多余的标记分子；
4.与芯片杂交孵育；
5.扫描分析结果。
蛋白芯片的信号检测与数据片理
目前主流蛋白质芯片的信号检测方式主要还是嫁接了核酸芯片的荧光检测体系。将蛋白样品或二级抗体标记上合适的荧光物质，通过共聚焦荧光扫描仪或C
C
D荧光成像仪在特定的波长下激发荧光，获得反应结合的信号。除了此类荧光标记检测外，另一类更引人瞩目的就是非荧光标记检测技术。后者的代表诸如重力悬臂(
s t r e s s )技术、表面核磁共振技术、S P R ( s l l r f a e e p l a s m o n F e s
o n a n c e ) 。此外又如基于声学及光学原理的A c o u s t i c P l a t e Mo d e
、椭圆光学检测。他们的共同的特点是：高灵敏度，满足了微量蛋白的检测需要，但缺点是过高的灵敏度往往使得垃圾信号和有效信号的区分变得困难。 
示范图:
为蛋白质芯片1 个子阵列的放大图.
子阵列中看到的点状就是蛋白质芯片
内信号的强弱表达. 可以通过多种仪器检测
在数据处理方面，目前蛋白质芯片的数据处理主要集中在如何根据荧光强度对蛋白浓度的定量上.由于生物样品中各种可能的目的分子的含量存在巨大的差异以及蛋白间作用动力学的多样性和复杂性，如何分假阳性信号和阳性弱信号有待解决.
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