补脾益肠丸的副作用并不明显，只有少数患者用药后可能会出现胃肠运动的紊乱，表现为反酸、烧心、口臭，甚至恶心、呕吐等症状。但这些副作用有待于临床进一步观察和验证。另外，需要注意的是，过敏体质的人群应慎用补脾益肠丸。
