⑴ 用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；
⑵ 作为探针用于放射性杂交；
⑶ 用于定位克隆；
⑷ 借以寻找新的基因；
⑸ 作为分子标记；
⑹ 用于研究生物群体多态性；
⑺ 用于研究基因的功能；
⑻ 有助于药物的开发、品种的改良；
⑼ 促进基因芯片的发展等方面。正是因为EST 表现出了这些巨大潜能，使其得到了充分的利用与发展。
