可根据严格的发病年龄、典型的运动神经麻痹症状及其他症状而作出初步诊断。脑脊液检查无明显异常。肌电图检查对诊断有一定帮助，常可出现短暂的小振幅而密集的运动单位动作电位，这种图形的出现与神经损害持续时间相一致。
确诊尚需对食品、粪便标本做肉毒毒素检测，通过荧光抗体染色法能检测出肉毒毒素和肉毒杆菌，此外可直接运用厌氧培养法和特殊的增菌技术分离病原菌、鉴定菌种。
