使用萤光抗体技术和PAS染色方法，能最清楚地在组织和脓汁中看到申克氏孢子丝菌的微小、球形和雪茄状的酵母体。这些方法是快速的，但是必须有标本在脑心浸剂或mycobiotic琼脂斜面上于37℃和30℃或室温培养的培养物的支持。典型菌落大约在一周后可以见到——起先是白色和光洁的， 以后变成棕色。酵母型是在37℃培养时产生的，这使申克氏孢子丝菌与由其他孢子丝菌引起的感染区别开，后者偶然也曾在人的皮下组织中引起病变。
诊断也可以通过用组织浸渍物或渗出物腹腔内接种小鼠来加以证实。小鼠在接种后一周产生腹膜炎，在腹腔渗出液中有大量的雪茄状，多形、正在出芽的酵母型。