黄色肉芽肿性肾盂肾炎的诊断依据为：对有慢性尿路感染史晨尿离心沉渣涂片泡沫细胞阳性以及X线发现某些可疑病变者，应考虑XGPN的可能性。X线的改变包括单侧肾肿大静脉肾盂造影(IVP)显示无功能肾肾和(或)输尿管发现结石。血管造影显示无血管肿块或伴有肾内血管伸长变细的肿块，输尿管周围血管呈显著的囊状扩张性病变在显著无血管区域的不规则的有肾功能损害的肾影，以及CT和MRI值有特征性发现。根据这些特点，对40%的病例可以作出诊断或术前拟诊另外，由于黄色肉芽肿性肾盂肾炎似由细菌感染引起，故尿细菌培养几乎均呈阳性，奇异变形杆菌和大肠埃希杆菌最常见，因大肠埃希杆菌感染率高，耐新青霉素Ⅰ的金黄色葡萄球菌感染也有类似情况。