潜伏期为1—3周，主要症状为腹痛、腹泻、腹胀、食欲不振，恶心、呕吐等，大便稀烂有粘液，镜子下面可见脓细胞核红细胞，并可找到包囊及滋养体。重度感染者可有爆发性腹泻，水样便，恶臭味，腹胀明显，病程3—4天，也可持续数月转为慢性。慢性者病程长，间歇性腹泻，稀便恶臭、呃逆、腹痛、腹胀、食欲差、乏力、消瘦、营养不良，贫血、生长发育迟缓。少数病人病程和达数年，也有排包囊而无症状者。
如虫体寄生在肝胆系统，可出现发热、乏力、厌食油腻、右上腹疼痛，肝功能大多正常，极少发生黄疸。若侵入阑尾可引起急性或慢性阑尾炎。