一般情况下，可以根据质粒的大小来确定它是否带有插入片段。以下方法足以产生在琼脂糖凝胶的单个泳道上加样所需的DNA量。操作方法如下：
1. 使转化得到的细菌在含有氨卞青霉素的琼脂培养基(LB)上生长至菌落直径达1mm左右。
2. 用灭菌的牙签挑取单菌落的一小部分，在含氨卞青霉素的LB琼脂平板上划线。至少挑选20个左右的菌落照此划线，平板于37℃培养过夜，然后保存于4℃，直到相应菌落的回收。
3. 在划线培养的同时，将每一菌落的剩余部分用牙签一一转移并洗脱到事先加有50μL 灭菌的10mmo1/L EDTA(pH8.0)的1.5mL离心管中。
4. 每管加 50 μL配制的0.2mo1/L NaOH、0.5％SDS、20％蔗糖溶液，振荡30秒。
5. 于70℃温育5分钟，然后冷却到室温。
6. 加 3 μL 2mol/L KCl、0.2％溴酚蓝的溶液，振荡30秒。
7. 冰浴5分钟。
8. 用微量离心机于4℃以12000g离心3分钟，使细菌碎片的沉淀。
9. 制备1％的琼脂糖凝胶(5mm厚)，将50μL上清液加入样品槽内(5×2.5mm，长×宽)。
10. 染料迁移到凝胶全长的2/3—3/4时，于室温将凝胶放入溴化乙锭溶液(0.5ug/mL水溶液)中，浸泡20—30分钟。
11. 紫外灯下观察、拍照。
通过与同时点样的载体质粒的比较，不难发现重组子：比载体质粒迁移慢的很可能是含有插入片段的重组DNA。可从保存于4℃的重新划线的平板上挑出相应的菌落，接种于2mL含抗菌素的LB培养液中培养过夜，然后提取质粒，用做重组时相同的限制酶做酶切鉴定。重组子应该可以切下预期大小的插入片段。
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