少数无致命突变而可能存在编码能力的返座假基因已作功能研究，如人metallothioneinⅡ假基因，鼠L32核糖体蛋白的一个假基因rpL32-4A等等。人metallothioneinⅡ假基因5’端上游缺乏RNA聚合酶Ⅱ转录所需的各种元件，且在Hela细胞及鼠L细胞中未发现转录活性。
鼠L32核糖体蛋白的一个假基因rpL32-4A的5’端上游-30bp位置上有“ATA” 盒（RNA聚合酶Ⅱ转录所需元件之一），虽然其转录活性未经直接检测，但对其序列的甲基化程度研究显示，它可能不被转录。所以，返座假基因可能在其插入基因组时就失活了，即它们不能被RNA聚合酶Ⅱ转录而形成有活性的mRNA。
考虑到返座假基因是随机插入到哺乳动物基因组中，能准确插入到一个RNA聚合酶Ⅱ启动子下游的可能性是很小的。在一些极罕见的例子中，即从mRNA上游启始的异常转录本（往往由RNA聚合酶Ⅲ转录）可能带有正常的启动子序列，从而能够产生一个有功能活性的返座基因（retrogene），如鼠前胰岛素原Ⅰ基因。