连接酶在EC编号中分类为EC6，并再细分为6个子类：
EC6.1包括形成C-O键的连接酶
EC6.2包括形成C-S键的连接酶
EC6.3包括形成C-N键的连接酶
EC6.4包括形成C-C键的连接酶
EC6.5包括形成磷酯键的连接酶
EC6.6包括形成N-金属键的连接酶
