酶标仪和普通的光电比色计有以下几点差异：

（1）盛装待测比色液的容器不再使用比色皿，而是使用塑料微孔板。微孔板常用透明的聚乙烯材料制成，对抗原抗体有较强的吸附作用，故用它作为固相载体。

（2）由于盛样本的塑料微孔板是多排多孔的，光线只能垂直穿过，因此酶标仪的光来都是垂直通过待测溶液和微孔板的，光束既可是从上到下，也可以是从下到上穿过比色液。

（3）酶标仪通常不仅用A，有时也使用光密度OD来表示吸光度。

酶标仪可分为单通道和多通道2种类型，单通道又有自动和手动2种之分。自动型的仪器有X，Y方向的机械驱动机构，可将微孔板L的小孔一个个依次送入光束下面测试，手动型则靠手工移动微孔板来进行测量。

在单通道酶标仪的基础上又发展了多通道酶标仅，此类酶标仅一般都是自动化型的。它设有多个光束和多个光电检测器，如12个通道的仪器设有12条光束或12个光，12个检测器和12个放大器，在X方向的机械驱动装置的作用下，样品12个为一排被检测。多通道酶标仪的检测速度快，但其结构较复杂价格也较高。