酶膜反应器可以根据酶的存在状态、液相数目、膜组件型式、膜材料类型、反应与分离耦合方式、传质推动力等的区别,分为不同的类型:
（1）根据酶的存在状态,可将酶膜反应器分为游离态和固定化酶膜反应器。前者酶均匀地分布于反应物相中,酶促反应在接近本征动力学的状态下进行,但酶易发生剪切失活或泡沫变性,装置性能受浓差极化和膜污染的显著影响。固定化酶膜反应器中,酶通过吸附、交联、包埋、化学键合等方式被“束缚”在膜上,酶装填密度高,反应器稳定性和生产能力高,产品纯度和质量好,废物量少。但酶往往分布不均匀,传质阻力也较大。
（2）根据液相数目，可将酶膜反应器分为单液相（超滤式）酶膜反应器和双液相酶膜反应器。
（3）据膜组件型式的不同可分为板框式、螺旋卷式、管式、中空纤维式。
（4）据材料的不同可分为有机、无机酶膜反应器。
（5）据反应与分离的耦合方式的不同可分为一体式和循环式酶膜反应器。
（6）据传质推动力的不同可分为压差推动、浓度差推动、电位差推动等酶膜反应器。