酶蛋白与一般蛋白质的不同之处在于酶蛋白具有活性中心。
酶蛋白的活性中心是与底物发生催化作用的部位，由酶蛋白的立体构型所决定，一般是三级结构及四级结构才具有活性中心。若这种结构被破坏，活性中心也就破坏，酶就失去活性，这就是当环境变化时，酶丧失活性的原因。
整个酶蛋白，包括活性中心和非活性中心部分，都对酶的整体结构起着维持作用，决定了酶的亲水性强弱、整个分子的电性和电荷分布，以及活性中心周围的环境，如Ph、温度等等，这就决定了酶使用的最佳工艺条件。
因此，改变酶蛋白中氨基酸或其排列顺序，就会改变酶的活性中心及其性质和效能。由于探索了其内在关系，便能人为地对酶进行改性，以满足工艺的需要。这便是新颖酶制剂所以能飞速发展的原因。
酶蛋白的活性中心是决定酶催化反应专一性的根本原因。
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