所谓纯化，也就是MT粗品（60%～90%）、MT精品（≥90%）以及纯品（≥95%）的形成过程。由报道的资料看，纯化方法大概是一致的，首先是根据MT-1和MT-2所带电荷不同的性质，进行离子交换将MT-1和MT-2分开，然后将收集MT-1和MT-2的层析液分别进行脱盐，最后收集冻干、保存。
取匀浆液直接上Sephadex G-50柱（4.5×100cm）进行分离，以0.01mol/LTris-HCl，pH8.6缓冲液洗脱。收集含MT组分层析液，再上预先用0.01mol/L Tris-HCl，pH8.6缓冲液平衡好的DEAE-Sepharose Fast Flow（3×70cm）柱进行离子交换层析，以Tris缓冲液进行直线梯度洗脱（A液：0.01mol/L Tris-HCl，pH8.6；B液：0.25mol/L Tris-HCl，pH8.6）。分别收集含MT-1和MT-2组分，冷冻干燥浓缩成体积15～20mL，再分别上预先用0.01mol/L碳酸铵平衡好的Sephadex G-25柱（1.6×120cm）进行脱盐。所得MT-1和MT-2冷冻干燥后保存于-20℃冰箱中。
虽然文献中讲到许多分离纯化方法，但是多为实验室研究，真正运用到实际生产的并不多，这主要与实际生产中的各种环境因素的影响有关。在实验中发现，诱导后家兔肝脏中MT的含量愈高，实际生产中MT的提取率就愈大，相反，MT的提取率就愈低。