链霉菌的次级代谢产物种类丰富，最重要的就是产生抗生素。现发现由链霉菌产生的抗生素有1000多种，已经应用于临床的近百种，如链霉素(streptomycin)、卡那霉素(kanamycin)、丝裂霉素(mitomycin)，土霉素(oxytetmcycline)等。有的链霉菌能产生多种抗生素，还有一些种类能产生维生素、酶及酶抑制剂等。
