白唇鹿（Cervus albirostris）是鹿科（Cervidae）白唇鹿属（Przewalskium）下的唯一物种，仅分布在青藏高原地区，是青藏高原特殊地质地理条件下形成的特化种。自20世纪60年代，为逐步恢复野生白唇鹿种群数量并维持鹿茸的可持续利用，白唇鹿被人工养殖。长期的养殖过程发现，部分圈养个体处于亚健康状态，具体表现为潜在病原体增加，肠道微生物多样性减少，特定的肠道微生物功能减弱，患病风险增加。
为探讨圈养对白唇鹿肠道微生物群落结构和生态过程的影响，中国科学院西北高原生物研究所动物进化适应与濒危物种保护学科组基于16S rRNA V3-V4区测序，利用QIIME2流程方法，对圈养和野生白唇鹿粪便微生物结构和组成进行分析。结果表明，圈养白唇鹿肠道菌群中厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度低于野生种群，而拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度高于野生种群；在属水平上，条件致病菌和果胶分解菌相对丰度较高。PCoA分析表明野生白唇鹿和圈养白唇鹿的肠道菌群组成和功能存在显著差异。零模型、中性群落模型和生态位宽度联合分析表明，圈养通过提高确定性过程的贡献，改变了其肠道微生物群落的生态组装过程。研究表明，圈养能够通过持续施加选择性压力而改变白唇鹿肠道微生物，从而对其宿主产生潜在的不利影响。该研究为濒危物种的保护生物学研究提供了新的研究手段和视觉。
相关研究成果以Captivity Shifts Gut Microbiota Communities in White-Lipped Deer (Cervus albirostris)为题，发表在Animals上。研究工作得到中科院青海省人民政府三江源国家公园联合研究专项等的支持。
白唇鹿肠道微生物群落组成及成分差异分析
白唇鹿肠道微生物群落生态过程分析
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