完全去除结石，消除其病因是最好的预防方法。但大多数尿石症的病因难于根除。因此需长期注意预防。
1.饮食防石
养成多饮水的习惯，每日尿量2000～2500ml，外观无色或淡黄色。根据结石成分和尿液分析结果选择食物。过度营养者应降低热量，尤其是减少动物蛋白的摄入，多食粗粮；吸收性高钙者应限制乳制品、动物蛋白和糖；尿酸高者禁食动物内脏，少吃肉类。草酸高者禁食菠菜，少吃豆制品。
2.药物防石
（1）降低结石盐或酸在尿中饱和度的药物噻嗪类药物降尿钙和草酸，别嘌醇类药物降尿酸，硫醇类药物降胱氨酸，正磷酸盐类药物可间接降钙、镁，枸橼酸可络合尿钙，菌石通可以降低感染时尿液中的氨，并改变pH值。
（2）增加尿抑制活性的药物枸橼酸、正磷酸盐等。
（3）干扰尿黏蛋白聚合控制促进活性的药物乙酰半胱氨酸、丙氨酸等。