总体来说，此综合征的预后是好的一些患者可以自行恢复，并且不再复发；一些患者在使用糖皮质激素治疗后可完全恢复尤其是儿童患者，肾脏病变往往完全恢复，不易复发；但成人肾脏病变可复发，即使在全身使用糖皮质激素和其他免疫抑制剂(如苯丁酸氮芥、环磷酰胺等)治疗中也可复发，并且少数患者可进展为慢性肾功能衰竭因此对于肾小管间质性肾炎葡萄膜炎综合征的患者，应嘱其就诊肾脏病专科以期获得正确的治疗和随访观察。
葡萄膜炎不像肾脏病变它易于复发，即使在全身糖皮质激素治疗过程中也可能出现前葡萄膜炎的复发。不过绝大多数患者的炎症仅限于眼前段对局部糖皮质激素治疗敏感，所以一般不引起严重的后果，但前葡萄膜炎未及时治疗或治疗方法不正确可引起并发性白内障、继发性青光眼等并发症，影响患者的视力预后。