根据样品在固定相和流动相分离过程中的物理化学原理，高效液相色谱仪（HPLC）可分为以下五类。
（1）吸附色谱法：固定相采用固体吸附剂，流动相采用不同极性溶剂，根据吸附剂上样品中各组分吸附性能的差异进行分离。
（2）分配色谱：以固相基质上的固定液作为固定相，以不同极性溶质为流动相，根据固定液样品中各组分的分配性能差异实现分离。根据固定相液相流动相,相对极性的不同,可分为正相分配色谱和反相分配色谱，当固定相的极性大于流动相的极性时，如果固定相的极性小于流动相的极性，则可以称为正相分布色谱或正相色谱法，其被称为反相分配色谱或反相层析。
（3）离子色谱法：以高效微粒离子交换剂为固定相，以一定pH值的缓冲液为流动相，根据离子化合物中离子组分间可逆离子交换能力的差异，分离出离子化合物。离子交换器表面的带电基团。
（4）体积排阻色谱：以化学惯性多孔凝胶为固定相，根据固定相对样品中各组分体积排斥效应的不同，实现分离。以水溶液为流动相的体积排阻色谱法称为凝胶过滤色谱法。以有机溶剂为流动相的体积排阻色谱法称为凝胶渗透色谱法。
（5）亲和层析：以不同性质的配合物为固定相，以不同pH值的缓冲液为流动相，根据生物大分子与基质上结合配体比亲和力的差异，分离出具有生物活性的生物分子。