高通量测序数据分析

　　1. 是不是一定要用大型计算机?

　　除了序列拼接组装以外，其它分析不是一定要大型计算机，在普通的PC上也可以进行一些处理，当然，买一台或几台高性能的工作站电脑，能显著加快数据处理的速度。

　　2. 是不是一定要用Linux系统?

　　也不一定非用Linux不可，在Window下可以完成部分数据处理。如果你想以后长期从事高通量测序数据分析工作，熟悉Linux是必须的，但是如果你是为了处理一下数据混混毕业(中国有很多研究生是这样，这是事实)，我觉得没必要额外花些时间去学习使用Linux，虽然现在Linux已经变得不那么难用了。

　　3. 序列拼接又要用大型计算机又要用Linux系统怎么办?

　　方法有两个：(1) 找商业公司组装拼接, (2)用亚马逊的云计算服务。

　　4. 是不是必须自己写些程序?

　　数据处理中经常要对文本文件中的内容进行调整、筛选、比对，据我所知现在还没有什么软件可以非常灵活的完成这些操作，将来也很难有，因为这些操作都是与实际数据相关的，没有统一的规律。现在大部分人都是用脚本程序来完成这些任务，因此数据分析过程中需要自己写点程序。在这方面比较适合的编程语言是Python和Perl，我觉得Python比较好用也比较有前途，但很多人还是用Perl，问其原因，得到的答复是是师兄师姐都用Perl，不得不用Perl。

　　5. 数据如何分析?

　　这个问题太难回答了，并且我觉得目前及将来很长一段时间，在网上应该找不到像DGGE操作步骤、T-RFLP操作步骤、DGGE数据分析方法等这类非常详细的教程类的东西。因为高通量测序技术及其数据分析方法现在发展非常快，时刻在变。唯一的办法就是自己去研究Paper，研究相关软件的说明书。