小檗碱有利胆作用，增加胆汁形成，使胆汁变稀，对慢性胆囊炎患者，口服有良好效果。在慢性试验中，小檗碱对大鼠口服（20毫克/公斤）、肌肉注射（2毫克/公斤）可降低血清胆甾醇。黄连的热水浸液对家兔在饲喂胆甾醇或切除甲状腺后，可使升高的血清C/P值较早的恢复正常或降低血脂质水平。对家兔的苯肼性动脉硬化症，三黄粉（黄连、黄芩、大黄）可使升高的c/P值有所下降。早年报告的降低血糖的作用，未被证实。据报道，小檗碱及某些苦味健胃药（丁香中的石竹萜烯等）有抗贫血作用。对注射苯肼及二胺甲苯引起贫血的家兔，小檗碱可使红细胞的减少幅度较对照组少而血红蛋白也有某些增高。但也有报告，未发现黄连粉末有此作用。早年报告的小檗碱能减少白细胞，抑制白细胞的阿米巴样运动，未被证实，一般剂量时，它对白细胞并无影响。