鹦鹉热衣原体为革兰氏阴性,光学显微镜下可见,比细菌小比病毒大,直径0.3μm、0.4μm。细胞壁的结构和成分与其他革兰氏阴性菌相似,但没有或有微量胞壁酸,细胞壁上有属特异脂多糖抗原。细胞质中有DNA和RNA,并有不完全的酶系统,在宿主细胞质的空泡内增生,具有特异性包涵体。