粘膜免疫系统的淋巴组织有两个基本特征：一是接近抗原，二是诱导和效应位点的区域化，以消化道相关淋巴组织（GALT）为例：消化道相关淋巴组织由Peyer结（PP）、肠系膜淋巴结（MLN）以及分散在粘膜固有层(LP)和肠上皮中的大量淋巴细胞组成。PP中有明确的T细胞区和B细胞区，是典型的二级淋巴器官，位于小肠系膜的对侧，与肠腔仅隔一层立方上皮细胞。这层上皮细胞被称为滤泡相关上皮，之中除了普通的肠细胞、各种类型的淋巴细胞外，还有一种特殊的上皮细胞（M细胞），负责摄取和转运抗原。肠系膜淋巴结也是二级淋巴器官，与PP通过淋巴管道相连，又经胸导管外通血液，是粘膜与外周免疫系统的中转站。
肠腔抗原被M细胞摄取运送到Peyer结（PP），经抗原递呈细胞（APC）加工并递呈给T细胞，淋巴滤泡被激活，产生致敏的T、B淋巴细胞和记忆型T、B淋巴细胞；致敏的T、B淋巴细胞经肠系膜淋巴集结进入血液，通过血液循环大部分被带到粘膜固有层，少部分进入其他外分泌组织。
如果说Peyer和肠系膜淋巴结（MLN）是诱导位点，那么粘膜固有层和肠粘膜上皮中的淋巴细胞就是局部免疫的效应位点。淋巴固有层中有免疫系统中的大多数成分：大量的B细胞、浆细胞、巨噬细胞、树突状细胞和T细胞。肠上皮细胞中总细胞数的15%是淋巴细胞，淋巴细胞的90%是T细胞。肠上皮淋巴细胞是离抗原最近的淋巴细胞群。