病原体相关分子模式（PAMPs）：PAMPs是病原体表面或内部存在的高度保守的分子结构，如细菌的脂多糖、真菌的酵母多糖等。黏膜免疫系统中的模式识别受体（PRRs）能够识别并结合PAMPs，从而激活免疫反应。
差异性分子模式（DAMPs）：DAMPs是机体自身细胞在受到损伤或感染时释放的分子，如高迁移率族蛋白B1（HMGB1）、热休克蛋白等。黏膜免疫系统中的PRRs也能够识别并结合DAMPs，从而激活免疫反应。
特异性抗原：某些病原体具有特异性抗原，如病毒的外壳蛋白、细菌的细胞壁成分等。黏膜免疫系统中的T细胞和B细胞能够识别并结合特异性抗原，从而产生特异性免疫应答。
细胞间相互作用：黏膜免疫系统中的细胞之间通过直接接触或分泌信号分子进行相互作用，从而协同识别和清除病原体。例如，树突状细胞能够捕获病原体并将其呈递给T细胞，从而激活T细胞的免疫应答。