BNP同ANP一样具有一个由17个氨基酸通过一对二硫键组成的环状结构，它对于受体的结合很必要，其中二硫键对于BNP的生物活性很重要。
BNP具有种属特异性，大鼠的BNP由45个氨基酸组成，而猪、狗与人的BNP由32个氨基酸组成，人类BNP基因片段位于1号染色体短臂的远端，与其上游的ANP片段相连，其反向转录脱氧核糖核酸（cDNA）由1900个核苷酸组成，BNP的信使核糖核酸（mRNA）由900-1000核苷酸组成，它可表达成BNP前体原，脱去N端的信号肽成为含108个氨基酸的BNP前体（proBNP），但并不储存于分泌颗粒，主要从心室分泌，在其分泌过程中或进入血液后分解为具有生物活性的BNP（含32个氨基酸的C端片段）及N端片段。左室延展及室壁张力对BNP的释放进行基础调节。