BioTechniques：2015最受欢迎的技术文章

　　BioTechniques杂志日前评出了2015年最受欢迎的十篇技术文章，涵盖了对PCR、DNA提取、无细胞蛋白表达等常规技术的改良，以及CRISPR/Cas9、Hi-Plex、微图案化等新技术的应用。

　　1. Visual detection of isothermal nucleic acid amplification using pH-sensitive dyes

　　我们都曾在化学课上根据pH试纸的颜色判断过溶液的酸碱度。NEB公司的研究团队以同样的理念（基于pH值的颜色改变）为基础，开发了一种对pH敏感的变色染料，给DNA扩增赋予了肉眼可见的颜色改变。这一技术可以帮助人们直接用眼睛判断核酸扩增的结果，不需要借助任何特殊设备，在野外研究、田间试验、临床诊断等领域有着广阔的应用前景。

　　2. A single protocol for extraction of gDNA from bacteria and yeast

　　许多分子生物学技术都在被人们不断优化，比如PCR、质谱和测序。然而，DNA提取方法却始终没有什么太大的改变。

　　这项研究为人们展示了一种新的DNA提取方法。研究显示，加热乙醇碱性溶液，能以相似的效率释放出细菌和酵母中的单链DNA。离心所得的DNA可以直接使用，也可以添加到硅胶柱进一步纯化。这种快速、经济而且可靠的方法有助于鉴定未知的微生物，它不会忽视或偏向特定微生物。这种DNA提取方法能在25分钟内处理各种生物样品，可以用于临床诊断或者生物医学研究。

　　3. Affinity proteomics to study endogenous protein complexes: Pointers, pitfalls, preferences and perspectives

　　蛋白常常通过相互作用来执行细胞功能，特异性分离蛋白及其互作搭档，对于解析细胞体系很有帮助。亲和捕获技术利用高亲和力、高特异性的试剂，在细胞提取物中捕捉目的蛋白及其相关蛋白。将亲和捕获与质谱结合起来进行蛋白质组分析，可以分离和鉴定大量的内源性蛋白复合体。这篇文章阐述了亲和捕获蛋白复合体的有效步骤，探讨了进行这类实验的最佳方法和一些常见误区。

　　4. CRISPR/Cas9 nuclease cleavage combined with Gibson assembly for seamless cloning

　　CRISPR-Cas9是细菌在漫长的进化史中演化出的重要防御机制。这个监控体系能够根据引导RNA的指示，靶标并降解入侵者的遗传物质。现在，CRISPR-Cas9已经成为了炙手可热的基因组编辑工具，帮助世界各地的研究者们解决实际问题。

　　克隆是基因工程的一个基本工具，这项研究将CRISPR–Cas9与Gibson assembly结合起来，开发了一种快速有效的无缝克隆技术。研究人员使用一个T7转录模板来生成引导RNA（sgRNA），靶标克隆载体上的特定位点。他们用这种sgRNA和Cas9切开了一个22 kb的载体，并通过Gibson assembly在其中插入一段DNA。研究表明，这是一个能够实现无缝克隆的强大工具，可将DNA片段直接插入载体上的靶位点。

　　5. Preparation of amino acid mixtures for cell-free expression systems

　　这篇文章描述了一个为无细胞蛋白表达体系制备高浓度氨基酸混合物的有效方法。研究人员通过这一方法获得了理想的氨基酸组成和生理性pH。这种方法速度快，容易操作，也比商业化试剂盒便宜。人们可以在此基础上进行高通量实验、无细胞代谢工程或者掺入非标准氨基酸。

　　6. Micropatterning strategies to engineer controlled cell and tissue architecture in vitro

　　微图案化技术（Micropatterning）可在体外控制细胞和组织的构架，是模拟组织微环境的实用平台。这篇综述文章介绍了一些常用的微图案化技术，可以引导新手找到适合自己的方法，帮助他们获得自己想要的组织模式。文章还探讨了微图案化技术目前所面临的一些关键性挑战。

　　7. Simultaneous isolation of enriched myoblasts and fibroblasts for migration analysis within a novel co-culture assay

　　这一技术可以帮助人们在胶原酶消化之后，同时分离和富集成纤维细胞和成肌细胞。这些细胞随后可用于一个共培养的创伤修复系统，为人们揭示成纤维细胞对成肌细胞迁移的影响。

　　8. High-throughput detection of DNA double-strand breaks using image cytometry

　　这项研究为人们展示了一个高通量的方法，用图像细胞分析技术（image cytometry）客观地研究DNA双链断裂的细胞修复机制。

　　9. Abridged adapter primers increase the target scope of Hi-Plex

　　Hi-Plex是一种以扩增子为基础的靶向性大规模平行测序技术。研究人员对Hi-Plex方法进行了改良，使其可以靶标更多的扩增子（16–1003）。他们还用截短的接头引物来替代全长的接头引物，成功减少了之前的脱靶效应。

　　10. Introduction of the hybcell-based compact sequencing technology and comparison to state-of-the-art methodologies for KRAS mutation detection

　　这项研究将基于hybcell的测序技术用于KRAS突变分析，并将这种方法与Sanger测序、焦磷酸测序和二代测序进行了比较。研究指出，以hybcell为基础的测序技术很适合在肿瘤样本中检测KRAS点突变。