CDNA文库筛选
(一)λgt11 cDNA文库铺平板
宿主细菌制备
1.用一个E.coli宿主菌株单菌落分别接种2×5ml LB培养基(Y1088用于噬菌斑杂交,Y1090用于免疫筛选),于37℃振荡培养过夜。
2.将过夜培养物以3000×g离心5min。
3.分别用2ml λ-dil(10 mmol/L tris-Cl,pH7.5; 10 mmol/L MgSO4; 高压灭菌)重悬细胞沉淀。
4.细胞悬液可用于4℃贮存至一周。
预制噬菌体悬液铺平板
以已知滴度(如,已知每ml噬菌体颗粒数)的cDNA文库或其他噬菌体悬液开始,用λ-dil稀释以达到所需每平板噬菌体数。每个90mm直径平皿5×103个噬菌体/100μl开始筛选。
铺平板
1.将所需数量的LB平板置42℃温箱预热。
2.LB顶层琼脂(每平板最少2.5ml)用微波炉熔化,然后置49℃水浴中。
3.为温箱内的每一个平板准备一个12ml带螺旋盖试管,于室温,放在合适的架子上。
4.用移液器每管加100μlλ-dil稀释的宿主细胞悬液。
5.每管加100μl稀释的噬菌体悬液与细菌于漩涡器上简短混合。
6.含细菌和噬菌体(感染混合物)的试管于37℃温育25min,然后室温放置。
7.用一支消毒的10ml玻璃移液管在本生灯火焰上稍稍预热,取2.5ml保存在49℃的熔化顶层琼脂加到一支含感染混合物的试管内。
8.立即在手掌之间滚动混合管内混合物,然后均匀地倒入一个预热的LB平板上。
9.倒好的平板于室温置水平面上直至顶层琼脂凝固(至少5min)。
10. 重复步骤7至9,直至所有的细菌和噬菌体混合物都铺平板。
11. 平板置42℃温箱(对λgt11)直至噬菌斑长出。
(二)杂交筛选——cDNA序列作为探针
1.如上述将文库铺平板,噬菌斑杂交实验用E.coli宿主菌株Y1088。
2.噬菌斑于42℃生长过夜。
3.从温箱取出平板,置4℃冷却至少1h。
4.膜剥离:首先,用软铅笔在干的硝酸纤维素滤膜上给准备影印的平板编号。其次,从平板的中央开始向边缘小心将滤膜铺在菌台上。当滤膜完全变湿后(颜色变灰),再等30s。同时,用针头在平板上标出滤膜的3个不对称位置。小心将滤膜从平板上剥离,接触面向上放在一张干净的Whatman 3MM滤纸上。在进行下一步骤之前,所有的平板重复步骤4。
5.将滤膜接触面向上漂浮在变性液(0.5 mol/L NaOH; 1.5 mol/L NaCl)中5min。
6.中和5min。
7.用2×SSC洗涤5min。
8.将滤膜放在一张新的Whatman 3MM滤纸上,用铅箔将滤膜和滤纸一起包住。
9.在真空炉中80℃烘烤2h。
10. 用6×SSC预先短暂地湿润滤膜,然后用预洗液(50 mmol/L Tris-Cl pH8.0; 1mol/L NaCl; 1mmol/L EDTA; 0.1% SDS)于68℃预洗涤至少1h。用一个盘子放在水浴摇床上。
11. 将25张滤膜转移到一个装有50ml杂交液(5×SSPE;1×Denhardt’s液;100μg/ml cT-DNA;0.1%SDS)的贮存罐内(直径至少90mm),68℃预杂交2h。
12. 对于每ml杂交液,2倍的105至1×106cpm的双链探针经沸水浴变性10min后,迅速放冰上冷却。
13. 变性探针立即加到预杂交混合液中。
14. 在封口的贮存罐内于68℃杂交过夜,不断地晃动以防滤膜粘在一起。
15. 杂交结束后,滤膜用2×SSC,0.01%SDS于室温洗涤3次约1h。
16. 将潮湿(防止干燥)的硝酸纤维素滤膜放在一张硬纸或X光片上,用放射性墨水在针头标签上作标记。
17. 滤膜用塑料包装袋(如Saran)包住,然后加上增感屏在X光片上于-70℃曝光过夜。
(三)免疫筛选
制备Sepharose偶联细菌裂解液
1.各用一个E.coli温度敏感溶源菌株(BTA 282(λgt11amp3)或BNN 97)单菌落接种于2×7.5ml培养基并于32℃生长过夜。
2.过夜培养物用LB培养基稀释100倍,于32℃生长至OD600值为0.5。
3.于45℃温育15min诱导噬菌体表达。
4.培养物于39℃进一步培养约2h。
5.测定噬菌体含量以便收集,氯仿测定操作步骤:3滴氯仿加到1ml培养物测试样品中,混合物于37℃温育。另一份不加氯仿的培养物作为平行对照。温育5min后,测试样品与对照比较。如果添加氯仿的测试细胞悬液清澈透明,细菌完全被吸附,刚好开始裂解,此时已可收集培养物。
6.于4℃以4000×g离心10min收获细菌。
7.从开始的两份7.5ml培养物离心得到的细胞沉淀用冷的偶联缓冲液重悬并再次离心。
8.各用5ml冷的偶联缓冲液重悬细胞沉淀。
9.超声波处理细胞悬液,直到粘度增加至不再释放出核酸。
10. 将细菌裂解物偶联到预先制备好的溴化氰活化Sepharose 4B于4℃过夜。
11. 以3000×g离心5min回收偶联物。
12. 用偶联缓冲液重悬沉淀并再次离心。
13. 为了饱和溴化氰活化Sepharose的未结合反应基团,沉淀物用冷(4℃)的饱和缓冲液重悬并在旋转轮上于4℃温育1h。
14. 通过三次连续的洗涤除去未吸附蛋白质,开始用洗涤缓冲液(pH4.0);然后转换至pH8.0;最后一次洗涤pH为4.0,在这个处理前后和每次洗涤之间,在4℃,2500×g离心5min,收集材料。
15. Sepharose偶联细菌裂解液可以PBS悬液(+0.01%硫柳贡)于4℃贮存几个星期。
用于筛选的抗体预吸附
1.浓度为0.5至1 mg/ml未稀释的第一抗体和第二抗体(如过氧化物酶偶联羊抗兔抗体,Calbiochem公司)分别用1.7倍体积的Sepharose偶联细菌裂解液混合,并在旋转轮子上于4℃温育过夜。每次筛选循环约需要300μl已处理的第一抗体(最终工作稀释度为1:100)和15μl已处理的第二抗体(最终工作稀释度为1:2000)。
2.悬液加到少量玻璃棉填充的加样器吸头内。未封闭抗体用冷冻封闭液(至少5倍于柱体积)洗脱。
3.用冷的封闭液调节洗脱出的抗体浓度至原先浓度的1/20。加入硫柳汞(终浓度0.01%)。
铺平板
1.如上所述铺制平板,作如下修改:
a. 另外一支含2.5ml顶层琼脂的12ml带螺旋盖试管置49℃水浴中以铺制诱导对照平板。
b. 在一份感染混合物中,用100μl噬菌体悬液含已知百分比的具有完整β-半乳糖苷酶基因的野生型噬菌体作为诱导对照。
c. 在加相应感染混合物前,为铺制诱导对照平板20μl X-gal立即加到2.5ml顶层琼脂中。