Cell：单细胞测序深度解析三阴乳腺癌

　　美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析，表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上，将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。

　　三阴乳腺癌是指雌激素受体、孕激素受体和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。这种癌症约占乳腺癌的10%-15%，可能对新辅助化疗有反应，但通常会产生耐药性。不过，人们尚不清楚耐药性究竟是由罕见的现有克隆引起，还是由新获得的基因组异常引起。

　　于是，美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析，表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上，将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。

　　“在这项研究中，我们研究了三阴乳腺癌患者在接受新辅助化疗时肿瘤细胞的基因组和表型进化，他们表现出两种截然不同的克隆动态：消退或持续，”作者写道。

　　对于一些乳腺癌患者，化疗清除了所有的肿瘤细胞。然而，另一些患者在化疗后仍有残留的肿瘤细胞，其基因型和表型在治疗后都发生改变。

（图片来自原文）

　　为此，研究人员利用单细胞DNA和RNA测序，以及大量细胞的外显子组测序，分析了20名治疗过程中的三阴乳腺癌患者。Illumina深度外显子组测序发现10名患者的肿瘤消退，而另10名患者仍有肿瘤细胞存在。之后，他们对其中的8名开展了单细胞分析。

　　他们使用BD的FACSAria II流式细胞仪来分选单个细胞，并利用混合文库和Illumina的新一代测序技术来分析。他们通过DNA测序分析了900个单细胞，通过RNA测序分析了6,862个细胞，发现化疗中出现的拷贝数畸变是预先存在且适应性选择的，而表达谱是通过转录重编程获得的。

　　“我们的数据进一步表明，新辅助化疗选择的一小部分基因型被用于转录重编程，并在治疗之前表达出耐受化疗的基因，”研究人员指出。尽管这项研究的样本量很小，但是它对临床具有重要意义。

　　作者还写道：“在接受化疗之前，检测三阴乳腺癌患者的耐药克隆，也许有助于预测哪些患者有望从化疗中受益。其次，将患者分化为克隆消退组和克隆持续组，可能对患者的预后或生存有意义。第三，我们关于耐药表型的数据有望开发出克服耐药性的治疗策略。”

　　未来的研究将包括配对的原发性和转移性肿瘤的分析，以便了解耐药克隆在转移中的作用。研究人员表示，随着单细胞DNA测序的产量增加及成本下降，以及同一细胞的单细胞DNA和RNA分析变得可行，这些项目将变得更加可行。