仪器故障可以通过记录的峰形进行诊断。这可以在进行化学分析或分散系数测定的过程中来观察：
1、重复进样时重现性不佳：先检查携出，这可很容易地通过交替注入高浓度与低浓度的试样来完成。消除携出的方法是降低采样频率或增加载流泵速，也可以同时采取这两项措施。还要检查一下阀是否有漏泄，如果用自动的流动注射分析体系，还应检查一下试液杯中的试液是否充足。
2、记录峰在返回基线的过程中响应迟钝。体系中死体积过大（接头不良，流通池体积或其接口处体积太大），起到一个或若干个小“混合室”的作用，必须缩小或消除这些死体积。
3、基线漂移:在光学检测系统中，其原因可能某些物质在流通池窗口上的淀积，通常可注入一种能溶解该淀积物的试剂来除去，也可用适当的洗液或洗涤剂冲洗整个系统，在电位检测系统中，漂移可能来自标准电池电位的变化（可能为指示电极或（和）参比电极的E0值漂移的结果）也可能来自接界电位的变化。