NGS鉴定耐药基因跨种转移,溯因院内感染暴发

　　1、暴发事件描述

　　在荷兰南部的三级教学医院内筛选产超广谱β内酰胺酶 (ESBL) 菌株时，研究者首次注意到感染暴发。最先分离出一株产碳青霉烯酶、NDM-1基因阳性的肺炎克雷伯菌，鉴定确认时，感染患者已经出院；对长期住院病人进行ESBL菌株感染筛查，出现另外两例阳性感染患者。连续筛查结果表明有2个病房内各出现1例感染患者，7个病房内各出现至少两例感染患者。随后研究者对所有暴发日期起入住过任何一间上述病房的2964例高危患者进行NDM-1基因筛查，鉴定出29例阳性患者后采取接触隔离措施。

　　2、NGS检测结果

　　研究者使用二代测序技术 (NGS) 分离鉴定250个产碳青霉烯酶肠杆菌 (CPE)，其中包含此次暴发事件的29例感染病例的42个NDM-1阳性样本。结果表明大多数样本包含肺炎克雷伯菌 (26株) 和大肠杆菌 (11株)，但5例样本包含了肠杆菌科的其它种类。与5个散布分布的HCCs相同，分离的肺炎克雷伯菌的26株样本序列型 (ST) 为ST873，研究者对ST873进行全基因组多位点序列分型 (wgMLST)，结果显示各菌株都携带相同的质粒，耐药基因组差异较小。而11株大肠杆菌序列性差异较大，耐药基因组和质粒多样性程度高，但都含有肺炎克雷伯菌中携带NDM-1基因的质粒。

　　3、NGS鉴定耐药基因跨种转移，溯因院内感染暴发

　　本研究描述了医院内暴发产NDM-1的肺炎克雷伯菌感染，同一时间段内5个散布不相关联的HCCs也出现同样病例。未借助NGS技术时，不能明确NDM-1耐药基因源头。NGS技术结合wgMIST技术鉴定菌株类型，明确所有分离的肺炎克雷伯菌为相近序列型ST873，和同时分离的肠杆菌中都含有同样耐药基因NDM-1的质粒。研究揭示了含NDM-1耐药基因质粒跨种从肠杆菌转移至肺炎克雷伯菌，导致此次感染暴发。