Natmethods：细胞功能分析免费新软件

　　来自芬兰和德国的研究人员开发了一种开放源代码(open-source)软件使得处理生物成像数据变得更加容易。这一命名为BioImageXD的软件将有助于分析细胞和组织的功能。这一软件开发项目获得了芬兰科学院(通过FinNano研究计划)、欧盟和芬兰国家技术创新局(Tekes)的资助。 1.0版本的BioImageXD已被接收发表在该领域的顶级期刊《自然方法》(Nature Methods)上。

　　尤其，BioImageXD可用于分析分子在细胞表面的移动以及结合在一起的机制。拥有这一软件，科学家们可以分析细胞表面的成分，研究癌细胞如何在一个三维环境中扩散，或是测量病毒和靶向药物进入细胞的有效性。这样的计算之前根本无法做到。

　　近年来，利用新型专门显微镜进行细胞和组织成像已经很大程度上推动生物科学和生物医学的研究。这些新方法还实现了对活细胞开展研究。然而显微成像并不能显示，需要转换为三维模型。这些3D渲染(rendering)携带显著的权重，然而可靠的科学数据还需要能够随后用于数学计算的数值。此外，这些拥有极大数据集的计算必须是可行的。

　　到目前为止，缺乏合适的软件阻碍了这一发展。为了解决这一问题，图尔库的研究人员Jyväskylä 和 Dresden为处理成像数据的软件制定了精确的规格。一个关键的标准是软件将建立在开放源代码原理基础上，所有研究人员可以免费获取。

　　这项工作促成了BioImageXD，由于其灵活性和开放源代码特性这一软件程序得到了来自世界各地成百上千研究人员的正面反馈。

　　从广泛开发到测试成功

　　BioImageXD的一个独特之处在于可用于构建全新的分析方法(用于甚至不需要编程技能)，同时处理成千上万的图像，分析数以百万的分子。对比测试表明相比于其他类似的程序BioImageXD更快更敏感。

　　BioImageXD软件开发始于10年前，由芬兰于韦斯屈莱大学Jyrki Heino领导的研究小组自那时以来与Varpu Marjomäki研究小组和来自德国马普分子细胞生物学与遗传学研究所的Daniel White展开了积极的合作。

　　主要的开发工作由先任职图尔库生物技术中心的细胞成像核心协调员Pasi Kankaanpää领导。

　　这一BioImageXD软件将刊载在《Nature Methods》特殊专题的显著位置上，其侧重于生物医学图像的处理。