X射线晶体分析曾帮助人们揭示了DNA双螺旋和其他无数分子的结构,而现在科学家们对这一技术进行了升级。本期Nature上发表的一项研究显示,利用微小的分子海绵,可以进行无需结晶的X射线晶体分析。这一方法省却了麻烦的结晶步骤,使X射线晶体分析更简便快捷,同时也提升了灵敏度。
“你可以称之为,无需结晶的晶体分析,”未参与这项研究的,哈佛医学院生物化学家Jon Clardy评论道。这一技术使用多孔支架,让目标分子在其中有序排列,然后再通过X射线解析其结构。
X射线晶体分析(X-ray crystallography)是科学界最重要的技术之一,是少数能够直接确定分子形态的技术。X射线晶体分析需要获得可供衍射的单晶,但实际上许多分子很难结晶,就像你很难让一个好动的小狗坐定拍照一样。Clardy指出,这是X射线晶体分析中的最大瓶颈。
晶体海绵
东京大学的化学家Makoto Fujita与其同事Yasuhide Inokuma领导了这项研究,他们采用了被称为金属一有机骨架的材料,这种材料具有大而规律的空腔,就像“晶体海绵”一样。研究人员将这种多孔复合物的小晶体浸入到目标分子的溶液中,复合物就像海绵那样吸收周围的小分子。在短时间的孵育之后,支架中目标分子实现了有序排列,可以用来进行X射线衍射,以揭示它们的结构。
通过这一技术,研究人员成功对一些已知结构的小分子进行了形态分析。此外,他们还通过该方法确定了miyakosyne A的结构,miyakosyne A是一种来自海绵的罕见化合物,其分子特性使之很难结晶。不过,由于该技术使用的是小晶体支架,所以要求样品质量处于纳克-微克级别。
“这是一个非凡的成就,”Clardy说。他认为这一技术将帮助人们从一些特殊生物(海洋生物和土壤细菌等)中挖掘有价值的化合物,因为这些分子往往很难结晶。
目前,这项新技术还没有用于蛋白质结构分析,因为结晶海绵中的“口袋”还不够大。不过Fujita的研究团队正在向这一方面努力,“将这一方法应用到蛋白结晶分析中,是我们面临的下一个挑战,”他说。
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