虽然用核酸序列数据进行分类研究的优点早已被承认,但序列比较数据的积累过 程都是繁琐的。PCR通用引物技术所提供的快速测序法促使分子分类学的范围扩展 到更多的类群。由序列中得出的均一数据为各种类群的生物提供了一个共同的系统发 育框图。序列数据同样也提供了过去的方法所不能提供的分辨率。线粒体DNA的扩增 和直接测序也已用地获得序列来证明在关于人类的mtDNA家系图中非洲人是其基础。 在另一项研究中,对灵长类型组织相容性基因的系统发育分析表明HLA-DQα基因座的 许多等位基因的起源早于人类的发生。
因为只需要有靶序列几个分子扩增就可以完成,许多以前很难进行分子分析的样 品都可以使用。可以用博物馆保存的及植物标本室中的标本进行工作促进了分子数据 在各种分类研究中的应用。这些技术在古代标本上的应用也是令人兴奋的。在佛罗里 达泥炭沼中保存了7000年的脑DNA中发现其含有一个在现存土蓍美洲人中不存在的新 型mtDNA。