仅仅是扩增的方法不同而已,一个是普通的PCR,一个是RTPCR.
如果需要鉴定染色体的DNA序列有无差别或基因突变,可以用PCR-SSCP,我曾做过这方面的实验,检测病人有无基因的点突变,同时扩增病人和正常人的基因片段,然后做sscp,只要有一个核苷酸的区别,变性SDS-PAGE后,条带就会有很大的区别.
而RTPCR-SSCP 检测的是cDNA片段有无区别的实验。
需要注意的是SSCP技术通常用到银染显色，silver staining 非常敏感 ，实验时对水的要求很高，否则胶的背景很暗，结果不明显，同时，实验过程中务必戴上干净的手套后，才能接触胶，否则会有你的明显的银染指纹。
有时候,限制性酶切分析(RFLP,restriction enzyme length polymorphism)可替代SSCP进行检测基因的差异
当然,最后都要以来测序sequencing来确定序列.
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