TheScientist：最热门基因组研究

　　The Scientist杂志是由科学信息研究所(ISI，现为汤姆森路透科技集团)的创始人Eugene Garfield于1986年创办的一份双周刊报纸，后又转变为一本每月出版的杂志，同时伴有每日更新的在线新闻。主要刊登生命科学相关信息，并帮助科学家分析研究的，以协助决策影响他们的工作生活。鉴于近年来基因组研究越来越受到关注，因此The Scientist杂志推出了“Genome Digest”，与大家分享热门的基因组研究成果。

　　1.这项研究采用中国红阳品种猕猴桃，利用高通量测序手段完成了世界首个猕猴桃全基因组测序组装工作。

　　研究使用Illumina Hiseq2000测序方法，140X覆盖度，利用包含4,301个SLAF标记的高密度遗传图谱辅助scaffold序列组装到29个染色体上，最终结果获得基因组大小为616.1Mb，包含39,040个基因，高杂合率(1.05%)，scaffold N50为647K。

　　S. Huang et al., “Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis,” Nature Communications, doi:10.1038/ncomms3640, 2013.

　　2.这项研究完成了一类细菌：Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff)的完整基因组测序，这将有助于了解这种细菌的致病机理和演化历史。

　　A. Darrasse et al., “Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscansstrain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads,” BMC Genomics, doi:10.1186/1471-2164-14-761, 2013.

　　3.这同样是一项由中国学者完成的研究——由南京师范大学与深圳华大基因研究院合作，成功完成了白鱀豚的全基因组序列测定与分析工作。这是第一次通过新一代测序方法获得较高测序深度的鲸类全基因组序列图谱。通过对白鱀豚基因组的初步分析，揭示了鲸类的次生性水生适应机制，并重建了该物种的种群历史。

　　南京师范大学生命科学学院的杨光教授和深圳华大基因研究院的王俊博士为这篇文章的共同通讯作者，南京师范大学/中国科学院动物研究所、深圳华大基因研究院的周旭明、孙凤明和徐士霞是该论文的共同第一作者。参加单位还包括南京医科大学、丹麦哥本哈根大学、沙特阿卜杜勒阿齐兹国王大学等国内外高校和科研机构。

　　研究人员采用新一代测序Illumina平台获得了高深度的白鱀豚基因组。通过比较基因组学分析发现白鱀豚具有较慢的分子钟(molecular clock)，基因组在氧化还原、铁离子结合等基因发生了基因家族扩张，而嗅觉基因家族则出现收缩，同时一些色素相关基因则发生了假基因化。进一步研究则揭示了白鱀豚基因组在视觉、味觉、大脑发育以及回声定位等功能基因方面都出现了选择性适应进化。通过重测了另外3个白鱀豚个体的基因组序列，发现白鱀豚基因组的遗传杂合度明显低于迄今已报道的其它哺乳动物基因组。种群历史分析显示，该物种在末次盛冰期的末期曾经历过一次较为严重的种群瓶颈效应，而古气候及海平面变化与此次种群波动密切相关。

　　X. Zhou et al., “Baiji genomes reveal low genetic variability and new insights into secondary aquatic adaptations,” Nature Communications, doi:10.1038/ncomms3708, 2013.

　　4.来自意大利和美国的研究人员完成了Polynucleobacter necessarius完整基因组测序。

　　V. Boscaro et al., “Polynucleobacter necessarius, a model for genome reduction in both free-living and symbiotic bacteria,” PNAS, doi:10.1073/pnas.1316687110, 2013.

　　5.这项研究完成了Ictalurus punctatus全基因组与其它四种模式动物的比对，这四种模式动物包括斑马鱼、清鳉(medaka)、Tetraodon和stickleback。

　　Y. Jiang et al., “Whole genome comparative analysis of channel catfish (Ictalurus punctatus) with four model fish species,” BMC Genomics, doi:10.1186/1471-2164-14-780, 2013.