蛋白质组学与系统生物学研究所将以疾病蛋白质组研究为主线，带动其他组学（如功能基因组、转录组、代谢组和生物信息学）研究，从而建立疾病系统生物学的研究高地。主要研究方向是人类肝脏的蛋白质组和肝脏疾病比较蛋白质组研究，以及基于所有组学和传统生物学的肝脏系统生物学的研究。
主要研究内容：
1. 建立国际先进水平的蛋白质组学技术平台，积极发展具有自主知识产权的新技术和新方法，绘制肝脏的蛋白质组谱和修饰谱，相互作用图/细胞定位图；
2. 建立肝脏蛋白质组的生物信息数据库，通过与肝脏疾病相关的比较蛋白质组研究，确认肝脏疾病分子标记物和药靶，发展肝脏蛋白质芯片技术并用于重大肝脏疾病的诊断与治疗；
3. 建立生物信息学的技术平台，建设成库并进行有效管理，负责与外部数据库的联结和检索，负责开发肝脏数据库建设与生物信息学分析的系列软件，整合与肝脏疾病相关的各类数据，通量寻找功能基因（组）与蛋白质（组）、药物靶标和高通量筛选以靶标为导向的先导化合物；
4. 用系统生物学的观点，整合各类“组学”信息，发展系统整合语言，提出细胞与组织乃至人体的生理和病理的数字化模型，运用系统整合语言发展与中心法则有关的模型与假说，并在实验和临床中加以验证，提出药物与靶点相互作用及其网络作用的模型与假说，并在实验和临床中进行验证，为重大疾病的防诊治提供理论依据。
复旦大学生蛋白质组学与系统生物学研究所以复旦大学分析化学和化学生物学两个学科为基础，依托复旦大学附属医院和其它基础学科的优势和便利，开展了一系列重大疾病的蛋白质组学研究，并着重一些前沿性的相关技术研究。主要开展了如下一些领域的研究：
一、疾病蛋白质组学方面：
研究了乙肝病毒基因转染肝细胞的蛋白质组变化和反映的宿主关系, 研究了肝癌转移细胞系模型的蛋白质组变化，找到了一组潜在的疾病分子标记物，揭示了心脏疾病动物模型的一些受药物控制的关键分子。以及其它一些疾病领域的研究。
二、新技术方面，主要开展了以下工作：
1）生物质谱与疾病蛋白质组学分析，以生物质谱为主要方法，瞄准蛋白质组关键分析技术及问题寻找对策，发展快速、高效、高通量、在线的蛋白质分离鉴定方法。
2）蛋白质后修饰的研究，发展蛋白质磷酸化和糖基化等翻译后修饰的分离、富集和鉴定新方法。
3）多维色谱与复杂体系分析，面向复杂体系中的分离分析问题，并围绕生命科学研究中的重大科学问题发展新技术新方法。从基础理论出发，开展方法学与创新技术研究、仪器与产品化研制。
4）光电化学与重大疾病诊断分析，瞄准国际前沿，在重大疾病（如肿瘤等）早期诊断新方法的建立方面进行深入研究，围绕功能蛋白质膜的光电化学、电化学生物传感器、阵列芯片分析系统、表面分子开关等领域开展创新性研究。
5）微纳流控体系与生命分析，围绕微纳流控技术高通量和低消耗基本特征，在微纳流控新方法和新技术及其应用开展深入系统的研究，发展面向国家需求的微流控反应、分析、诊断和筛选的理论和新方法。
6）创新分析仪器研制，根据科学研究、环境监测、临床诊断、食品安全分析等与国计民生密切相关的若干重要领域需求，在包括质谱、色谱、电化学、微流控及智能分析等科学仪器，产生一批具有自主知识产权的核心技术。
生物医学研究院功能蛋白质组学研究所
上海市徐汇区东安路130号
复旦大学医学院明道楼4楼
电话：021-54237416
网址：http://www.biomed.fudan.edu.cn