南京大学模式动物研究所（Model Animal Research Center, MARC）暨教育部“模式动物与疾病研究重点实验室”是南京大学集人才培养、科学研究和社会服务功能独立的教学科研机构。她坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的金陵古都，位于南京国家高技术产业开发区内，占地100亩。是我国发育生物学和遗传学的主要科学研究和人才培养基地之一，研究所已建立遗传学、发育生物学、肿瘤生物学、分子心血管学、代谢疾病和生物信息学等多个研究方向。研究所以功能基因组学和实验动物学为基本研究对象，结合小鼠、果蝇、斑马鱼、线虫等模式动物，在分子生物学、细胞生物学和整体动物等不同层次上研究基因功能、基因调控及疾病发生过程的生物学机制。
研究所实行学术委员会指导下的所长负责制，全套采用国际一流研究型大学院系的实验室管理方式，全部PI从国外留学、工作人员中引进。研究所现有在编专业人员24人，其中教授17人，副教授6人，（副研究员6人）；其中教育部长江计划特聘教授1人，国家杰出青年基金获得者3人，教育部新世纪人才2人，国家青年千人计划获得者2人，江苏省双创人才4人。研究所成员共承担研究国家和省部级项目151项，其中包括国家“十五”攻关重点项目、国家“十一五”科技支撑重点项目、国家基础研究重点项目、十五国家重大科技专项、973项目、863项目、国家杰出青年基金、国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金面上项目等。在国际期刊上发表SCI论文270篇，影响因子大于10的27篇。其中在著名期刊Nature Medicine发表2篇，Nature Methods发表1篇，Nature Communications发表2篇、Cell 发表2篇，PNAS发表 4篇。多篇研究论文被国际同行专文评述。
依托于模式所建立的国家遗传工程小鼠资源库（NRCMM）是中国最大的遗传工程小鼠种子中心，目前拥有3500多种小鼠品系，已经为国内600余家科研单位提供遗传工程小鼠50万余只200多种品系,其中包括心血管、肥胖、糖尿病、免疫缺陷、老年痴呆、肿瘤等多种动物模型。同时还帮助多所科研单位办理小鼠进出口业务，进口共计200余次900多个品系。