发布时间:2018-03-16 11:26 原文链接: 蛋白质(十五)主要研究

主要研究

历史

在18世纪,安东尼奥·弗朗索瓦(Antoine Fourcroy)和其他一些研究者发现蛋白质是一类独特的生物分子,他们发现用酸处理一些分子能够使其凝结或絮凝。当时他们注意到的例子有来自蛋清、血液、血清白蛋白、纤维素和小麦面筋里的蛋白质。荷兰化学家格利特·马尔德(Gerhardus Johannes Mulder)对一般的蛋白质进行元素分析发现几乎所有的蛋白质都有相同的实验公式。用“蛋白质”这一名词来描述这类分子是由Mulder的合作者永斯·贝采利乌斯于1838年提出。Mulder随后鉴定出蛋白质的降解产物,并发现其中含有为氨基酸的亮氨酸,并且得到它(非常接近正确值)的分子量为131Da。

对于早期的生物化学家来说,研究蛋白质的困难在于难以纯化大量的蛋白质以用于研究。因此,早期的研究工作集中于能够容易地纯化的蛋白质,如血液、蛋清、各种毒素中的蛋白质以及消化性和代谢酶(获取自屠宰场)。1950年代后期,Armour Hot Dog Co.公司纯化了一公斤纯的牛胰腺中的核糖核酸酶A,并免费提供给全世界科学家使用。科学家可以从生物公司购买越来越多的各类纯蛋白质。

著名化学家莱纳斯·鲍林成功地预测了基于氢键的规则蛋白质二级结构,而这一构想最早是由威廉·阿斯特伯里于1933年提出。随后,Walter Kauzman在总结自己对变性的研究成果和之前Kaj Linderstrom-Lang的研究工作的基础上,提出了蛋白质折叠是由疏水相互作用所介导的。1949年,弗雷德里克·桑格首次正确地测定了胰岛素的氨基酸序列,并验证了蛋白质是由氨基酸所形成的线性(不具有分叉或其他形式)多聚体。原子分辨率的蛋白质结构首先在1960年代通过X射线晶体学获得解析;到了1980年代,NMR也被应用于蛋白质结构的解析,冷冻电子显微学被广泛用于对于超大分子复合体的结构进行解析。截至到2008年2月,蛋白质数据库中已存有接近50,000个原子分辨率的蛋白质及其相关复合物的三维结构的坐标。[4]

研究方法

蛋白质是被研究得最多的一类生物分子,对它们的研究包括“体内”(in vivo)和“体外”(in vitro)。体外研究多应用于纯化后的蛋白质,将它们置于可控制的环境中,以期获得它们的功能信息;例如,酶动力学相关的研究可以揭示酶催化反应的化学机制和与不同底物分子之间的相对亲和力。而体内研究实验着重于蛋白质在细胞或者整个组织中的活性作用,从而可以了解蛋白质发挥功能的场所和相应的调节机制。

抗癌作用

当癌细胞快速增生时,需要一种名为survivin的蛋白质的帮助。这种蛋白质由凋亡抑制基因Survivin编码合成在癌细胞中含量很丰富,但在正常细胞中却几乎不存在。癌细胞与survivin蛋白的这种依赖性使得survivin自然成为制造新抗癌药物的靶标,但是在怎样对付survivin蛋白这个问题上却仍有一些未解之谜。

Survivin蛋白属于一类防止细胞自我破坏(即凋亡)的蛋白质。这类蛋白质主要通过抑制凋亡酶(caspases)的作用来阻碍其把细胞送上自杀的道路。以前一直没有科学家观察到survivin蛋白与凋亡酶之间的相互作用。也有其它迹象表明survivin蛋白扮演着另一个不同的角色——在细胞分裂后帮助把细胞拉开。

生物化学家GuySalvesen掌握了survivin蛋白的结构“并没有澄清它是怎样防止细胞自杀的疑点”。这些蛋白质配对的事实确实让人惊奇,几乎很难找到不重要的二聚作用区域。两个蛋白质的接触面将是抗癌症药物集中对付的良好靶标。

组学

在1996年前提到蛋白质组学(Proteomics),恐怕知之者甚少,而在略知一二者中,部分人还抱有怀疑态度。但是,2001年的Science杂志已把蛋白质组学列为六大研究热点之一,其“热度”仅次于干细胞研究,名列第二。蛋白质组学的受关注程度如今已令人刮目相看。

1.蛋白质组学研究的研究意义和背景

随着人类基因组计划的实施和推进,生命科学研究已进入了后基因组时代。在这个时代,生命科学的主要研究对象是功能基因组学,包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。尽管已有多个物种的基因组被测序,但在这些基因组中通常有一半以上基因的功能是未知的。功能基因组中所采用的策略,如基因芯片、基因表达序列分析(Serial analysis of gene expression, SAGE)等,都是从细胞中mRNA的角度来考虑的,其前提是细胞中mRNA的水平反映了蛋白质表达的水平。但事实并不完全如此,从DNA mRNA 蛋白质,存在三个层次的调控,即转录水平调控(Transcriptional control ),翻译水平调控(Translational control),翻译后水平调控(Post-translational control )。从mRNA角度考虑,实际上仅包括了转录水平调控,并不能全面代表蛋白质表达水平。实验也证明,组织中mRNA丰度与蛋白质丰度的相关性并不好,尤其对于低丰度蛋白质来说,相关性更差。更重要的是,蛋白质复杂的翻译后修饰、蛋白质的亚细胞定位或迁移、蛋白质-蛋白质相互作用等则几乎无法从mRNA水平来判断。毋庸置疑,蛋白质是生理功能的执行者,是生命现象的直接体现者,对蛋白质结构和功能的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。蛋白质本身的存在形式和活动规律,如翻译后修饰、蛋白质间相互作用以及蛋白质构象等问题,仍依赖于直接对蛋白质的研究来解决。虽然蛋白质的可变性和多样性等特殊性质导致了蛋白质研究技术远远比核酸技术要复杂和困难得多,但正是这些特性参与和影响着整个生命过程。

2.蛋白质组学研究的策略和范围

蛋白质组学一经出现,就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”,即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质,这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学,也更符合蛋白质组学的本质。但是,由于蛋白质表达随空间和时间不断变化,要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。另一种策略可称为“功能法”,即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化,如蛋白质在不同环境下的差异表达,以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。

早期蛋白质组学 profile),随着学科的发展,蛋白质组学的研究范围也在不断完善和扩充。蛋白质翻译后修饰研究已成为蛋白质组研究中的重要部分和巨大挑战。蛋白质-蛋白质相互作用的研究也已被纳入蛋白质组学的研究范畴。而蛋白质高级结构的解析即传统的结构生物学,虽也有人试图将其纳入蛋白质组学研究范围,但仍独树一帜。

3.蛋白质组学研究技术

可以说,蛋白质组学的发展既是技术所推动的也是受技术限制的。蛋白质组学研究成功与否,很大程度上取决于其技术方法水平的高低。蛋白质研究技术远比基因技术复杂和困难。不仅氨基酸残基种类远多于核苷酸残基(20/ 4), 而且蛋白质有着复杂的翻译后修饰,如磷酸化糖基化等,给分离和分析蛋白质带来很多困难。此外,通过表达载体进行蛋白质的体外扩增和纯化也并非易事,从而难以制备大量的蛋白质。蛋白质组学的兴起对技术有了新的需求和挑战。蛋白质组的研究实质上是在细胞水平上对蛋白质进行大规模的平行分离和分析,往往要同时处理成千上万种蛋白质。因此,发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。在国际蛋白质组研究技术平台的技术基础和发展趋势有以下几个方面:

3.2 蛋白质组研究中的样品分离和分析

利用蛋白质的等电点和分子量通过双向凝胶电泳的方法将各种蛋白质区分开来是一种很有效的手段。它在蛋白质组分离技术中起到了关键作用。如何提高双向凝胶电泳的分离容量、灵敏度和分辨率以及对蛋白质差异表达的准确检测是双向凝胶电泳技术发展的关键问题。国外的主要趋势有第一维电泳采用窄pH梯度胶分离以及开发与双向凝胶泳相结合的高灵敏度蛋白质染色技术,如新型的荧光染色技术。

质谱技术是目前蛋白质组研究中发展最快,也最具活力和潜力的技术。它通过测定蛋白质的质量来判别蛋白质的种类。当前蛋白质组研究的核心技术就是双向凝胶电泳-质谱技术,即通过双向凝胶电泳将蛋白质分离,然后利用质谱对蛋白质逐一进行鉴定。对于蛋白质鉴定而言,高通量、高灵敏度和高精度是三个关键指标。一般的质谱技术难以将三者合一,而发展的质谱技术可以同时达到以上三个要求,从而实现对蛋白质准确和大规模的鉴定。

蛋白质的含氮量比较恒定,平均约为16%。

与身高的关系

据报道,第二次世界大战期间,日本动物性食品供应不足,每人每年只平均供应2千克肉,12.5千克奶和奶制品,2.5千克蛋。当时12岁学生平均身高只有137.8厘米。战后,日本经济发展迅速,人民生活改善,动物性食品增多,每人每年食用肉达13千克,奶及奶制品25千克,蛋类15千克。1970年调查,12岁少年(少年食品)的身高已达147.1厘米,平均增高9.3厘米。从这个例子可以看出蛋白质(蛋白质食品)食物对少年儿童(儿童食品)增高所起的作用。

蛋白质是构成一切生命的主要化合物,是生命的物质基础和第一要素,在营养素中占首要地位。少年儿童及婴幼儿增高离不开蛋白质。人体的骨骼等组织是由蛋白质组成的。在体内新陈代谢的全部化学反应过程中,离不开酶的催化作用,而所有的酶均由蛋白质构成。对青少年增高起作用的各种激素,也都是蛋白质及其衍生物。此外,参与骨细胞分化、骨的形成、骨的再建和更新等过程的骨矿化结合素、骨钙素碱性磷酸酶、人骨特异生长因子等物质,也均为蛋白质所构成。所以,蛋白质是人体生长发育中最重要的化合物 ,是增高的重要原料。

婴幼儿(婴幼儿食品)、少年儿童生长发育所必需的脂溶性维生素(维生素食品)、铁(铁食品)、钙、磷等无机盐及部分微量元素(微量元素食品),在蛋白质食物中也同时可以获得。所以,有些儿童少年只喜欢吃素食(素食食品),怕吃鸡、鱼、肉、蛋等荤菜,或是在家长的催督下才勉强吃一点,这种做法是不可取的,必然会导致因蛋白质缺乏而影响身高。

正确的膳食原则是食物要多样,粗细要搭配,坚持以粮、豆、菜为主,适当增加肉、鱼、蛋、奶的量,以补充身体发育的充足营养,保证身高增加的原料,促进个子长高。

编辑


相关文章

药典委:关于蛋白质组学分析方法及应用指导原则草案的公示

国家药典委拟制定《中国药典》蛋白质组学分析方法及应用指导原则。为确保标准的科学性、合理性和适用性,现将拟制定的蛋白质组学分析方法及应用指导原则公示征求社会各界意见(详见附件)。公示期自发布之日起三个月......

超7亿美元!靠化学蛋白质组学平台,BridGene两年狂揽12亿美元

1月4日,BridGeneBiosciences宣布与Galapagos签订总额超过7亿美元的战略合作与许可协议。根据合作协议,BridGene将利用其化学蛋白质组学平台IMTAC(IsobaricM......

中国科学院团队成功绘制新冠首批死亡患者高分辨率空间蛋白质图谱

不久前,中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队与南方科技大学田瑞军团队以及华中科技大学同济医学院周亦武团队在BioRxiv发布创新性研究Deepspatialproteomicexplorationofs......

植物磷酸化蛋白质组学技术研发方面获进展

蛋白质磷酸化是在激酶催化下将磷酸基团转移到底物蛋白质上的可逆过程,是能够调控蛋白质结构与功能且参与细胞内信号转导的重要翻译后修饰,在植物的生长、发育、环境适应以及作物的产量和品质调控中发挥着重要作用。......

最新研究进展!复旦中山团队揭示血清蛋白质与代谢组的奥秘

新型冠状病毒感染自爆发以来,已成为目前较为严重的流行病之一。血清蛋白质/代谢物是监测新冠-宿主间炎症反应及免疫应答的灵敏靶标,但其在奥密克戎毒株轻症感染人群中,尤其是在接种疫苗的患者体内特征性变化仍不......

Lancet子刊|新冠追踪的蛋白质组学研究新发现!

部分民众总感觉“阳康”后一直有不舒服的现象,在近期中国科学家发表的一项重磅研究中得到了分子层面的科学论证:新冠病毒会对部分感染者产生长期的不良影响,涉及肺、肾、脑、运动能力、血糖、疲劳、嗅/味觉异常、......

通往智慧医学之路:第十二届中国蛋白质组学大会CNHUPO在成都举办

2023年9月25-27日,为促进蛋白质组学的研究和学科发展,增进国际间合作交流,由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)主办,四川大学华西医院、国家蛋白质科学中心·北京、医学......

790万元成交!这家公司中标北京神外所质谱仪采购项目

北京市神经外科研究所神外所4D高通量高深度蛋白质组学平台建设项目-3质谱仪采购项目公开招标,预算金额790万元,现北京融京科技发展有限公司中标,详细内容如下:公告信息:采购项目名称神外所4D高通量高深......

会议邀请|CNHUPO午餐卫星会

......

蛋白质组学分析相关设备采购项目829.2万元成交!

一、合同编号:[350101]JKG[GK]2023003二、合同名称:福建医科大学孟超肝胆医院金山院区蛋白质组学分析相关设备采购项目三、项目编号:[350101]JKG[GK]2023003四、项目......