cruzi 原虫的感染过程是一漫长的病理改变。感染多年后可累及心脏引发心肌炎、累及肝、脾造成肝、脾肿大等损害，也可因累及食管及结肠等脏器，使食管、结肠等器官的肠肌丛神经节细胞(Auerbach’s plexus)发生去神经支配，使自主神经功能紊乱，引起消化道运动功能紊乱及管腔扩张。Chagas 病侵犯食管造成食管运动功能紊乱及管腔扩张谓之Chagas 食管病。约有10%～24%的慢性Chagas 病人发现有食管异常。此外，有家族性自主神经机能异常、淀粉样变及吸毒者中亦可见到有巨食管的发生。
Sterin-Borda 等(2000)的研究表明，Chagas 病病人体循环中存在一系列神经递质受体(neurotransmitter receptor)的自身抗体(autoantibody)，这些抗体主要通过阻断β2 肾上腺素受体和M2 胆碱能受体而影响细胞内的信号转导，引起机体靶器官(主要为心脏和消化道肠肌丛的交感和副交感神经丛)的损害。Ny等(1999)则指出肠道微环境中一氧化氮系统的改变在Chagas 病人胃肠道发病过程中起到重要作用。