发布时间:2018-01-05 11:13 原文链接: 华南植物园在报春苣苔属叶绿体基因组装研究取得进展

  报春苣苔属是典型的喀斯特岩溶洞穴植物,具有非常丰富的物种多样性和特有性,是研究喀斯特植物适应性进化和物种形成的理想模式。

图1. 报春苣苔属叶绿体基因组一致性圈图

  中科院华南植物园植物科学研究中心冯超博士等人在康明研究员的指导下,以报春苣苔属植物为材料,率先搭建了该属三个完整的叶绿体基因组并进行结构注释,继而提出了两种高变异区段挖掘的新策略。策略一命名为Con_Sea:基于多物种叶绿体基因组的联配结果,找出真正的保守区和变异区(Con_Sea),并开发新的叶绿体标记。结合生信分析及实验验证,我们发现基于Con_Sea区域开发的叶绿体新标记的多态性程度高于传统的基于非编码区开发的标记。策略二简称SACRing:直接从PE RAD-Seq数据中分离并组装出简化叶绿体基因组,并基于各样本叶绿体基因组的共有区段,进行群体遗传或系统发育研究。研究人员采用三个自然群体的21个个体的RAD真实数据,进一步证实了该方法的可行性。基于该流程组装的简化叶绿体基因组Contig片段可覆盖完整基因组的一半,变异位点可有效区分三个自然群体的不同个体,并满足群体遗传研究要求。为方便无生信或编程背景的研究者使用,该两种策略均已整合成perl及bash脚本(https:/github.com/scbgfengchao/)。此研究为从非模式植物中大规模获取叶绿体基因组信息提供了新思路,研究开发的分子标记将进一步促进报春苣苔属乃至苦苣苔科的系统发育研究。

  该项研究得到国家自然科学基金-广东联合基金重点项目(U1501211)和国家自然科学基金青年基金(31501799)等项目资助。相关研究结果已在线发表在国际学术期刊BMC Evolutionary Biology上。

图2. 报春苣苔属植物叶绿体变异区的属内多态性

相关文章

研究发现生长信号与基因组稳定性有关

 中科院生化与细胞所研究员高大明团队在生长信号对基因组稳定性调控方面取得重要进展,相关研究成果近日在线发表于《自然—细胞生物学》。生物个体基因组完整性的维持得益于细胞内完善的DNA修复机制。......

非洲首个大型人类基因组学研究揭示高水平遗传多样性

南非科技部资助的“南部非洲人类基因组计划(SAHGP)”,顺利完成了对24名来自不同民族语言个体的全基因组测序,证实非洲人群存在高水平的遗传多样性,研究结果发表在《自然-通讯》期刊上。该计划是非洲首个......

Nature对儿童癌症基因组分析,有望实现儿童癌症精准治疗

在一项新的研究中,来自美国圣犹大儿童研究医院等研究机构的研究人员证实患有癌症的儿童和成年人通常具有不同的发生突变的基因来促进疾病产生,这提示着这些患者可能受益于不同的疗法。这一发现强调了对儿童癌症进行......

破译梨品质的密码

“作为国际上梨的第一生产大国,应该有体现其科技影响力的相应地位。”说这句话时,吴俊的眼神里透着一股坚定的信念。作为国家梨产业技术体系的育种岗位科学家、国家杰出青年科学基金的获得者,南京农业大学园艺学院......

分子层面鉴定遗传儿童癌症基因组找到可用药物靶点

英国《自然》杂志1日在线发表的两篇文章,美国和欧洲科学家在基因组和分子层面上详细表征了上千例儿童癌症,这是在儿童中进行的首次泛癌症基因组分析。其结果有利于人们理解儿童癌症的起因,并有助于研发新的治疗方......

德国学者:想生要趁早老来得子可能加快孩子衰老速度

德国一项研究认为,高龄爸爸的孩子可能老得快,寿命也可能短于年轻父亲的孩子。德国神经退行性疾病中心研究人员将一群小鼠分为两组,一组是雄鼠4个月大(相当于人类20多岁)时与4个月大雌鼠交配产下,另一组是雄......

兜里掏出小仪器就能测你基因组

《自然-生物技术》日前在线发表一篇论文,介绍了一种纳米孔装置。该装置仅有一个口袋大小,却可以测序和从头组装人类基因组。该研究报告了迄今为止最连续的人类基因组组装且仅使用了单一测序技术。理解和解读人类基......

迄今最连续的人类基因组组装完成

英国《自然·生物技术》杂志29日在线发表了一项基因组学研究成果:英国科学家团队利用一个口袋大小的纳米孔测序装置,从头组装出人类基因组,这是迄今为止最连续的人类基因组组装,而且只用了单一测序技术。这项研......

首个让消费者“交易”基因数据公司成立GeorgeChurch牵头

2005年,GeorgeChurch在美国启动了个人基因组计划(PGP),希望能从全球招募10万个体,共享他们的基因数据,以此解析疾病发生的根源。同年,他给自己定了一个“小要求”:每年成立一家公司。2......

加拿大个人基因组计划公布首批数据

加拿大个人基因组计划(PGP-Canada)于2012年启动,欲建立一个在线的加拿大人基因组数据库,供全世界的研究人员使用。近日,该计划公布了首批测序数据。根据《加拿大环球邮报》(theGlobean......