毛细管区带电泳仪（CZE）的整个系统用同一种缓冲液充满，带电粒子的迁移速度是电泳速度和电渗流速度的矢量和，分离条件包括缓冲液、添加剂和工作电压等。
一、缓冲液：
CZE分离过程在缓冲液中进行，缓冲液的选择直接影响粒子的迁移和分离。缓冲液的选择须遵循的要求：
1、在所选择的pH范围内有很好的缓冲容量。
2、在检测波长处无吸收或吸收值低。
3、为达到有效的进样和合适的电泳淌度，缓冲液的pH值至少必须比被分析物的等电点相差l个pH单位。
4、自身的淌度低，即分子大而荷电小，以减少电流的产生。
5、只要条件允许，尽可能采用酸性缓冲液，在低pH值下，吸附和电渗流都很小，毛细管涂层的寿命较长。
二、添加剂：
CZE分离中，常在缓冲液中添加某种试剂，通过它与毛细管壁或与样品溶质之间的相互作用，改变管壁或溶液的物理化学特性，进一步优化分离条件，提高分离选择性和分离度。
常用添加剂有表面活性剂、有机溶剂、中性盐类、两性物质和手性选择剂等。
三、工作电压：
电压是控制柱效、分离度和迁移时间的重要因素。在焦耳热可忽略的条件下，外加电压增大，分离时间缩短，柱效和分离度提高。
电压升高，产生的焦耳热增多，在不能有效驱散所产生焦耳热的情况下，柱温会显著升高，工作电流增大，柱效和分离度降低。除了采取有效的散热措施外，选择一种合适的条件，使在此条件下允许使用较高电压，而不致产生过大的电流和过多的焦耳热是非常重要的。一般通过作I－V曲线来选择体系的外加电压。